楽しかった夏休みが終わり、コーディたちスパイ暗号クラブのメンバー、おジャマじゃマット、テキサスから引っこしてきた双子たちは、そろって中学生になった。
バークレー中学には、新しい先生ミス・ブレッチリーが着任していた。彼女はジャーナリズムの先生だ。コーディはその先生のもとで、事件の調査と報道について学ぶことになった。
そんなある日、コーディたちのもとに暗号の手紙が送られてくる。内容は「学校の経費が何者かに盗まれている」という告発だった。
スパイ暗号クラブのメンバーは、さっそく学校内で調査を開始するが、やがて事件は、FBIが潜入調査に乗りだすほどの大事件であることがわかってくる。
はたして、犯人は誰なのか？ そして、コーディに告発の手紙を送ったのは誰なのか？ そしてその目的とはーー！？
スパイ暗号クラブ規則／登場人物紹介／暗号解読表／地図
第1章 不穏な新学期！？／第2章 匿名の手紙／第3章 第二のメッセージ／第4章 誰の指紋？／第5章 黄金虫／第6章 謎、また謎……／第7章 指紋採取大作戦／第8章 内部告発者／第9章 大ピンチ！／第10章 先生はどこ！？／第11章 マットは語る／第12章 実践！ パルクール／第13章 夜の引っこし
暗号の解答編／スパイ暗号クラブ2 用語解説
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